اسيد

فهرست

خواص فيزيكي و شيميايي نو كلئيك اسيدها

ساختار نوكلئيك اسيدها

اثر قليا بر DNA

واسرشت شدن DNAدر محيط با PHبالا

واسرشت شيميايي

  تغيير پروتئين   

  هدف گيري پروتئين

  ناقلين بيان ژن

جايگيرهاي كلوئينگ چندتايي

C2: خواص فيزيكي و شيميايي نو كلئيك اسيدها

نكات كليدي

پايداري نوكلئيك اسيدها : اگر به نظر ميرسد كه ساختار رشته هاي دوبل DNAو RNA بوسيله پيوند هيدروژني محكم ميگردند ، اما اين چنين نيست با ندهاي هيدروژني باي جفت شدن بزها مخصوص هستند ، اما پايداري مار پيچ نوكلئيك اسيد نتيجه اثر متقابل آب گريزي و دو قطبي ـ دو قطبي بين جفت  بازهاي آلي ميباشد .

اثر اسيد : وضعيت بسيار اسيدي ممكن است باعث تجزيه نوكلئيك اسيها به اجزايشان شود : بازها قند و فسفات اسيدهاي ضعيف سبب هيدروليز پيوند بازهاي پوديني گليكوزيلي تا اسيد بدون پودين بدست آيد شرايط شيميايي پيچيده براي انتقال بازهاي ويژه توسعه داده شده است و اساس توالي شيميايي DNAاست .

اثر قليا  : PHبالا DNAو RNA  را تخريب ميكند بوسيله تغيير در وضعيت تاتو مري بارها و قطع بازهاي هيدروژني  ويژه RNA  همچنني مشكوك به  هيدروليز در PHبالا بوسيله شركت در  OM-Z  در فرايند شكستگي درون مولكولي ستون فقودي استر ميباشد .

بعضي از تركيبات شيميايي مانند دوره و فرماميد ميتوانند DNAو RNA   را در RMطبيعي بوسيل قطع نيروي آب گريزي بين بازهاي آلي تخريب كنند .

چسبندگي : DNAخيلي دراز و نازك است و محلولهاي DNAيك چسبندگي بالايي دارند مولكوهاي DNAدراز مستعد شكستگي در يك محلول از طريق لرزش ميباشند اين پروسه ها ميتوانند براي توليد DNAبا يك طول متوسط و مشخص استفادع شود .

چگالي  شناوري : DNAداراي چگالي حدود ميباشد و ميتواند آناليز شود خالص شود بوسيله قابليتش در متعادل كردن در چكالي شناوري اش در يك شيب چگالي كلرايد سنديم تشكيل شده در يك سانتريفوژ چگالي دقيق DNAبعلت وجود G+Cميباشد و اين تكنيك ممكن براي تجزيه DNAهاي تركيبات مختلف استفاده شود

موضوعات مرتبط :

ساختار نوكلئيك اسيدها

ويژگيهاي دمايي و اسپكتروسكوبي نوكلئيك اسديها

پايداري نوكلئيك اسيدها : در اولين نگاه ممكن است بنظر ميردس كه مارپيچ دو گانه DNAو ساختار ثانويه RNA   بوسيله باندهاي هيدروژني  بين جفت بازها محكم ميگردند .

در حقيقت اينطور نيست مانند پروتئينها ( موضوع A4را ببينيد ) حضور باندهاي هيدروژني  بين يك ساختار بطور نرمال ايجاد پايداري نميكند اين بخاطر اينست كه يكي بايد بررسي شود اختلاف در انرژي  بين انها ، در مورد DNAوضعيت تك رشته  اي  پيچ خورده و ساختار دو رشته اي توجه داشت باندهاي هيدروژني  بين جفت بازها در DNAدو رشته اي صرفاً جايگزين ميشد از نظر قدرت و انرژي  كه اگر مولكول DNAتك رشته  مي بود در محلول آبي ، فقط با مولكولهاي آب برقرار ميگردد پيوند هيدروژني  يقيناً در شرايط مورد نياز براي جفت شدن بازها در يك زنجيريه دوتايي دخالت دارد

DNAدو رشته  اي فقط موقعي تشكيل خواهند شد كه مكمل يكديگر باشند اما اين پيوند در پايدار بودن مارپيچ شركت نمي كنند ريشه اين پايداري در جاي ديگري نهفته  است مهمترين مسئله بين جفت بازهاي آلي تداخل ميباشد از آنجائيكه آن بهتر است كه از نظر انرژي  آب را به روش متراكم مردن آن از محيط زوجهاي آب گريز دور كرد مقدار زيادي از آب در شبكه پيوندهاي هيدروژني  وارد ميشودد تد اخل عمل بين دوقطبي هاي باردار موجود روي بازها را بيشتر ميكنئ حتي در DNAتك رشته اي بازها تمايل دارند تا رروي همديگر متراكم شوند اين تراكم شدن ، در زنجيره دوتايي DNAبيشتر ميگردد . پديده آب گريزي باعث ميشود كه اين حالت بهترين حالت از نظر انرژي  زايي باشد .

اثر اسيد :

در اسيدهاي قوي و دماي بالا بعنوان مثال در اسيد كلريك در دماي بيش از 100 درجه سانتي گراد ، اسيد نوكلئيك بطور كامل به ا جزايش تفكيك ميشود بازها ، ريبوز ، دي اكسيد ريبوز و فسفات درحضور اسيدهاي معدني رقيق  تر به عنوان مثال به PH=3-4  ، باندهاي راحت تجزيه ميشوند به طور انتخاب مي شكنند اين پيوندها آن پيوندهاي گليكوزيلي هستند كه بازهاي پورين را به حلقه قندريبوز متصل ميكنند و با شكستن آنها اسيد نوكلئيك به صورت بدون پودين ميشود روشهاي شيميايي پيچيده تري به دست آمده ا ند كه بطور ويژه بازها را در بر دارند اين شكل اساس توالي شيميايي در DNAاست كه توسط ماكسيم و گيلبرت ارائه شد .

اثر قليا بر DNA:

افزايش PH  بالاي دامنه فيزيو لوژيكي (PH=7-8) اثرات دقيق بيشتر روي ساختار DNAدارد . اثر قليا تغيير دادن وضعيت توتومريك بازها است  اين اثر ميتواند با مراجعه به مدل تركيب سيكلو هگزان مشاهده شود مولكول در تعادل است بين وضعيت توتومريككتو و انول  ميباشد در PHطبيعي ، تركيب عمدتاً در حالت ketoميباشد افزايش PHسبب ميشود تغيير به تشكيل اينولات ميگردد كه مولكول پروتون از  دست ميدهد زيرا بار منفي با پايداري بيشتي بر روي اتم اكسيژن الكترونگاتيو مطابقت دارد ساختار گوانين نيز تمايل پيدا ميكند به تشكيل اينولات در PHبالا و تغييرات شبيه نيز در ساختار بازاي ديگر روي ميدهد اين اثرات باند هيدروژني  بين جفت بازها را تحت تاثير قرار ميدهد ونتيجه آن اينست كه ساختار دو رشته اي DNAبشكند واين است كه DNAواسرشت ميگردد .

اسيد اسيد اسيد